Истоки Зилупского православного прихода связаны с 1866 годом, когда по приказу Витебского губернатора, Бригский католический храм закрыли, превратив его в православную церковь. До этого богослужения проходили в Новослободском православном храме. Когда в 1920 году храм отдали обратно католикам, в Зилупе спустя год было начато строительство нового храма, сначала построив небольшую временную церквушку. Землю для строительства нового здания подарил местный житель Тимофей Захаренко. Строительство новой Зилупской церкви в 1935 году начал священник Владимир Антипов, который прослужил здесь вплоть до 1984 года. Он похоронен во дворе храма.
Во время пожара в мае 2004 года, храм, а также недавно построенная церковная библиотека, превратились в прах: сгорела ритуальная одежда, записи, ноты, колокольня, раскололся один из колоколов.
Местным жителям удалось спасти только иконы. В течение четырех лет храм фактически был построен заново и стал одной из визитных карточек города Зилупе.
Новая церковь может похвастаться очень красивыми росписями на потолке и стенах.
