Karsavos Sąžiningosios Eufrosinijos stačiatikių bažnyčios parapiją 1911 m. įkūrė latvių misionierius kunigas P. Liepinš ir teisininkas G. Timjanis. Bažnyčios statybos komitetas Rusijoje rinko reikiamas lėšas ir per pusantrų metų sugebėjo surinkti 25 tūkstančius rublių. Už šias lėšas 1912 m. nusavinto Malnavos dvaro žemėje pastatytas namas klebonui ir giesmininkui. 1917-1918 m. Karsavos parapijos klebonas A. Vickops pavertė klebono namus bažnyčia ir pašventino ją Šv. Eufrosinijos Polockietės vardu.
1985 m. bažnyčia buvo rekonstruota pagal rusų sakralinės medinės architektūros tradicijas. Darbus atliko Pskovo, Maskvos ir Rygos amatininkai. Tai didinga pagal stačiatikių medinės architektūros tradicijas pastatyta bažnyčia.
